El hábitat de las marismas mareales del estuario de San Francisco se ha visto drásticamente alterado en los últimos ciento sesenta años. Aproximadamente el 85% del hábitat original de la marisma mareal de la región se ha perdido debido a la creación de estanques salinos, la conversión a usos agrícolas e industriales/urbanos y la desviación y gestión del agua. La reducción de la superficie, la fragmentación del hábitat restante, la degradación de la calidad del hábitat y la propagación de especies invasoras han contribuido a reducir el tamaño de la población y la viabilidad de las especies obligadas a vivir en marismas mareales. Por estos motivos, muchas de las especies que dependen de los hábitats de marismas mareales figuran actualmente en las listas federales o estatales de especies amenazadas o en peligro de extinción, en particular el rascón y el rascón negro, o son objeto de preocupación desde el punto de vista de la conservación.